9月16日，从市防汛办获悉，受“山竹”正面影响，9月16日晚至18日，南宁市将有一次强降雨天气过程。市气象灾害应急指挥部已于9月16日11时将气象灾害(台风)Ⅲ级应急响应提升为Ⅱ级应急响应。根据《南宁市防御台风应急预案》的有关规定，市防汛抗旱指挥部从9月16日13时起，将南宁市防御台风Ⅲ级应急响应提升为Ⅱ级应急响应，并要求各县区(开发区)防汛抗旱指挥部、市防汛抗旱指挥部各成员单位按职责分工进一步做好各项防御工作，确保我市防汛安全和人民群众生命财产安全。市水文局于9月16日11时将南宁水文测报Ⅳ级应急响应提升为Ⅲ级应急响应。
为做好防御台风工作，市防汛办派出6个督查组到我市5县和武鸣区进行指导督查，重点督查检查防汛值班、领导带班、水库值守情况，以及防汛物资和抢险人员落实、防汛防台应急准备工作情况等。
市防汛办要求，全市各级水利部门加强水库水电站安全运行管理和隐患排查，对超汛限水位运行的水库采取措施降低水位，留足库容，在建除险加固水库全部空库运行。目前各水库已经按要求有序落实防御台风的各项工作，密切关注台风走向和降雨量变化，强化领导带班的24小时值班制度，并加密检查，发现安全隐患及时报告，妥善处置，确保水库、水电站安全运行，确保人民群众生命财产安全。
市防汛办还对全市各县区（开发区）防汛办、乡镇政府的防汛值班以及水库进行了不定期抽查。截至9月16日19时，全市共抽查了15个乡镇、水库水电站65座次，相关的值班人员全部在岗在位。
另外，市减灾委办公室也于9月16日8时紧急启动救灾预警响应。市减灾委办公室要求，各县区减灾委员会（抗灾救灾工作领导小组）办公室要进一步加强应急值守，执行24小时值班制度，密切关注天气和雨情、水情、灾情变化，根据实际情况及时发布救灾预警信息，提前通知减灾委成员单位按照本级救灾预案做好履行职责准备工作，提前做好救灾人员、物资、装备的准备工作，提前开放应急避难场所，以及协调和配合相关部门做好地处危险区域群众特别是空巢老人、儿童等人员的避险转移工作。认真收集、统计、报送灾情和救灾工作信息，视情启动本地救灾应急响应，调运发放救灾物资，安排下拨救灾资金，保障受灾困难群众基本生活。
